Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Ниатией и Гандэлией. Гандэлия использует Бакуганов и людей в войне за покорение Ниатии. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Ниатии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианцем Рэном, чтобы остановить воинов Гандэлии и Двенадцать приказов, а также спасти от уничтожения Ниатию и, возможно, Землю…