Человечество нашло способ настолько хорошо усовершенствовать организм на генном уровне, что подопытные превосходили обычных людей по всем параметрам. Дети с измененными генами были быстрее, сильнее, намного умнее. Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы.
По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Сам Координатор, Кира не придает значения различию между Координаторами и Натуралами, и сражается на стороне тех, кого любит. Сражается за то, чтобы прекратить бессмысленную войну.
